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在HTML文档的页眉和页脚中添加自定义HTML、JavaScript和CSS代码通常是通过以下方式完成的：

1. 使用HTML的<header>和<footer>元素：
   在文档的<header>和<footer>元素中，您可以添加自定义的HTML、JavaScript和CSS代码。这些元素通常用于定义文档的页眉和页脚。例如：

2. 使用内联<script>和<style>元素：
   您还可以在文档的<header>或<footer>中使用内联的<script>和<style>元素来添加JavaScript和CSS代码。例如：

请注意，添加自定义代码时，确保它们不会干扰文档的正常显示和功能。此外，如果您的代码包含敏感信息或需要安全考虑，请采取相应的安全措施，以防止潜在的安全问题。